Na jednom od sastanaka, održanom 1989. u Saveznoj direkciji za promet i rezerve proizvoda sa posebnom namenom(od 2006 – JP Jugoimport-SDPR), konstruktor i rukovodilac Projektno-konstrukcionog biroa ručnog oružja kragujevačke Zastave, Božidar Blagoević, upoznao se sa poznatim međunarodnim trgovcem oružja, Sarkisom Soganalijanom (Sarkis Garabet Soghanalian, 1929-2011), koji je u to vreme preko svoje firme iz Virdžinija Gardensa (Virginia Gardens, okrug Miami-Dade), Florida, na američko tržište plasirao i naše oružje. Sarkis je nakon sastanka posetio kragujevačku fabriku i tom prilikom predložio Blagojeviću da konstruiše najbolјi svetski pištolј u kalibru 9h19 mm. Američka filijala Soganalijanove firme je u to vreme prodavala čehoslovački pištolј 9 mm CZ-75 (Česká zbrojovka M75) koji je na tržištu SAD u relaciji cena/kvalitet imao prednost nad mnogim konkurentima i uživao veliku popularnost. Iz čisto komercijalnih razloga, trgovac je predložio da se najbolјi pištolј na svetu nazove CZ-89 (Crvena zastava M1989). Jedan od uslova je bio i da se oružje finalizuje do januara 1990. kako bi bilo promovisano na sajmu SHOT (Shooting, Hunting, Outdoor Trade) Show 1990. u Las Vegasu. Prema nezvaničnoj verziji, fabrički graver je na prototipovima pripremanim za sajam, greškom, umesto CZ-89, ugravirao oznaku CZ-99. Kako nije bilo vremena za popravku, odlučeno je da oružje zadrži oficijelni naziv CZ-99 (pištolј za naredni vek)
Blagoević je sa timom koji su činili Rodolјub Matković, Vlada Jeftić, Saša Milošević, Miloš Vasić i Stevo Basarić, uspeo da za samo 6 meseci konstruiše pištolј dvostruke akcije. Kao uzor su mu poslužili SIG R-225 (R-6), SIG 226 (R-75) i Walther P-88. Ovaj izbor ukazuje da je Blagojević oružje razvio u skladu sa zahtevima komisije nemačkog Ministarstva unutrašnjih poslova (Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat des Bundesrepublik Deutschland) za službeni policijski pištolј od 4. jula 1975, ali i u skladu sa uslovima konkursa od 28. juna 1981. za novi američki vojni pištolј 9 mm HM9.
Pištolј CZ-99 predstavlјao je borbeni pištolј dvostrukog dejstva obarače sa velikim kapacitetom okvira (dvoredi smeštaj 15 metaka 9×19 mm). Radio je na principu kratkog trzanja cevi. Bravlјenje se ostvarivalo vertikalnom oscilacijom cevi, pri čemu je kvadratni ispust na gornjoj strani ležišta metka (cevi) zalazio u odgovarajući urez na navlaci (sistem Browning-Peters). Oružje je imalo obostrane komande, svedene na tri elementa: dugme zadržača okvira, polugu za rasklapanje i polugu dvostruke funkcije – za hvatanje i otpuštanje navlake u prednji položaj i spuštanje oroza (udarača) na „prvi zub”. Zastavin pištolј nije imao mehaničkih kočnica. Konstruktori su smatrali da je inerciona udarna igla, zatim blokada udarne igle koja se oslobađala tek kada je obarača povučena do kraja, kao i sam udarač, razdvajačem osiguran od neželјenog dejstva tokom manipulacije ili usled mehaničkog udara, dovolјna garancija bezbednosti oružja. Na gornjoj strani navlake nalazio se indikator koji je omogućavao vizuelnu ili papilarnu signalizaciju prisustva metka u cevi.
Zatvarač i navlaka pištolјa CZ-99 izrađivani su iz jednog dela, od punog čelika, metodom glodanja, dok je usadnik sa rukohvatom bio od aluminijumske leguje ojačane čeličnim vođicama. U kombinaciji sa tvrdo hromiranom cevi, ovo je garantovalo preciznost i pouzdanost do 10.000 hitaca. Oružje je moglo dejstvovati u svim klimatskim uslovima, na temperaturama u dijapazonu od -30 °S do +50 °S, kao i u uslovima otežanog održavanja i čišćenja. Sila okidanja kod DA (povlačenjem obarače istovremeno se nateže oroz i vrši okidanje) iznosila je 5,5 daN, a kod SA (oroz zapet, povlačenjem obarače vrši se samo opalјenje) – 2,0 daN, što je bilo u svetskim standardima. No, hod obarače kod DA je bio duži od optimalnog. Radni hod obarače od 14 mm je, naime, još uvek bio u dozvolјenim granicama. No, sam oblik obarače (veća dužina i blaži luk repa – oblik preuzet iz normi postavlјenih pri izboru službenog pištolјa američke armije) pri okidanju je uzrokovao klizanje kažiprsta naniže tako da je praktično vreme okidanja u odnosu na projektovani put bio znatno duži. Manu prvih modela CZ-99 predstavlјao je i isuviše mali oroz, koji je otežavao natezanje palcem ruke kojom se oružje drži. No, najveća zamerka se odnosila na deblјinu drške, uslovlјenu rešenjem opruga komandnih poluga i gabaritima dvoredog okvira. Na kasnijim modifikacijama drška je bolјe rešena pa je dizajn pištolјa, sa optimalnom dužinom, skoro idealno bio prilagođen borbenim uslovima. Inače, potezanje oružja i promena cilјnih tačaka i na prvoj verziji je bila brza i laka. Sa druge strane, osa cevi, postavlјena znatno iznad tačke oslonca, uzrokovala je nešto veći otskočni ugao pri gađanju. Pištolј se isporučivao sa klasičnim nišanima i nišanima sa tricijumskim tačkama (3-Doth Sight) koje su omogućavale i dejstvo u uslovima smanjene vidlјivosti.
Oružje se, inače, po nizu detalјa razlikovalo od odabranih uzora. Za razliku od SIG-Sauer-a, linije domaćeg oružja bile su nešto zaoblјenije, a time i praktičnije. Identičan sistem bravlјenja imali su ne samo SIG-Sauer i CZ-99, nego i Walther R-88. Bezbednost oružja blokadom udarne igle imao je i SIG i CZ-99, sa tom razlikom što su Zastavini konstruktori sklop rešili na donekle izmenjenom principu. Domaći pištolј je imao navlaku i zatvarač izrađene iz jednog dela, od punog čelika, što je predstavlјalo prednost u odnosu na trodelni sklop SIG-Sauera sa navlakom od presovanog lima. Dvonamenska poluga u funkciji spuštanja oroza kod CZ-99 takođe je bila bolјe rešena (slično Walther-y P-88): kod SIG-Sauera oroz se spuštao istovremenim potiskivanjem poluge i povlačenjem obarače; kod Zastavinog pištolјa ova druga radnja je bila nepotrebna.
